FMIPA USU memiliki Departemen dan Program Studi yaitu :

1. Departemen Matematika

    - Program Studi S-3 Matematika

    - Program Studi S-2 Matematika

    - Program Studi S-1 Matematika

    - Program Studi D-3 Teknik Informatika

    - Program Studi D-3 Statistika

2. Departemen Fisika

    - Program Studi S-3 Fisika

    - Program Studi S-2 Fisika

    - Program Studi S-1 Fisika

    - Program Studi D-3 Fisika

    - Program Studi D-3 Metrologi dan Instrumentasi

3. Departemen Kimia

    - Program Studi S-3 Kimia

    - Program Studi S-2 Kimia

    - Program Studi S-1 Kimia

    - Program Studi D-3 Ilmu Kimia

4. Departemen Biologi

    - Program Studi S-3 Biologi

    - Program Studi S-2 Biologi

    - Program Studi S-1 Biologi