FMIPA USU memiliki Departemen dan Program Studi yaitu :
1. Departemen Matematika
- Program Studi S-3 Matematika
- Program Studi S-2 Matematika
- Program Studi S-1 Matematika
- Program Studi D-3 Teknik Informatika
- Program Studi D-3 Statistika
2. Departemen Fisika
- Program Studi S-3 Fisika
- Program Studi S-2 Fisika
- Program Studi S-1 Fisika
- Program Studi D-3 Fisika
- Program Studi D-3 Metrologi dan Instrumentasi
3. Departemen Kimia
- Program Studi S-3 Kimia
- Program Studi S-2 Kimia
- Program Studi S-1 Kimia
- Program Studi D-3 Ilmu Kimia
4. Departemen Biologi
- Program Studi S-3 Biologi
- Program Studi S-2 Biologi
- Program Studi S-1 Biologi